Սյունիքի մարզը գտնվում է հանրապետության հարավում, տարածքի մեծ մասը կազմում են ժայռերը, լեռնաշղթաները և անդնդախոր ձորերը, որոնց միջով հոսում են լեռնային գետակներ։ Սյունիքի միջին բարձրությունը ծովի մակարդակից 2.200 մ է: